Hombre yo todo lo que puedo decir son conjeturas y creencias, mi conocimiento acerca de tropheus es muy limitado. Lo que sí te puedo decir es que conozco muy bien la taxonomía de los seres vivos porque la he estudiado y me gusta mucho. Y a mí parecer, la procedencia no forma parte del nombre científico, sino más bien es una extensión informal que se le da para diferenciarlos.
Un dogo alemán, un caniche o un fox terrier son
canis familiaris y no
canis familiaris caniche por poner un ejemplo.
Después de haber leído muchos artículos (muchos de ellos tuyos Jorge) y fuentes, mi conclusión personal es que la comunidad científica no se pone de acuerdo en cuanto a la clasificación del género tropheus al igual que pasa con muchas otras especies poco estudiadas.
Para poner un ejemplo: incluso en la familia
Panthera que son tigres, leones, leopardo, jaguar e irbis, que es una familia suuuuper estudiada y conocida por todos, entran y salen especies porque no se ponen de acuerdo. Por ejemplo, cuando yo empecé a leer en la familia
Panthera estaban todos aquellos felinos grandes con uñas retráctiles. Creo recordar que la pantera nebulosa, el puma y el lince formaban parte de esta familia.
Hoy en día, las panteras son aquellos felinos grandes, con uñas retráctiles, Y que tienen la capacidad de rugir, así que linces (todos), puma y pantera nebulosa están fuera del grupo y han cambiado el nombre científico. El puma por ejemplo era
Panthera puma, y ahora tiene su propio género y se le denomina
Puma concolor o en lince está en en género
Lynx donde se diferencian varios tipos (caracal, ibérico, europeo...). Y seguramente sigan entrando y saliendo cada X años.
Sin embargo, con estos felinos si que se utiliza un segundo nombre de especie para diferenciarlos cuando es necesario remarcar su procedencia (pero sólo si es necesario). Si buscas Tigre en la enciclopedia animal te pone
Panthera tigris a secas y no te dice que hay varias razas, a no ser que tires de bibliografía especializada. Ahora no lo recuerdo bien, pero por ejemplo el tigre de bengala era
Panthera tigris bengalensis y el de siberia era
Panthera tigris siberiannis (me lo he inventado pero era algo parecido). Sin embargo, a ambos tigres se les considera el mismo animal aunque el de siberia sea más peludo y un poco más grande que el de bengala. Y por supuesto, a un cruce entre ambos jamás se le consideraría un híbrido.
Con esto quiero decir que en mi opinión, ni siquiera Peter Shupke tiene claro como clasificarlos. Y creo que es debido a que tienen todos un dilema muy gordo en cuanto a si se tratan de especies distintas o de la misma especie.
En cuanto al ADN mitocondrial, claro que los diferencia. De hecho, con un estudio mitocondrial puedes saber si el sujeto es rubio, moreno, vasco o murciano... pero eso no quiere decir que sean distintas especies.
Por cierto voy a aprovechar el hilo para poner unos enlaces muy interesantes (para el que le guste claro). Yo recomiendo echarles un vistazo:
http://ccmcea.blogspot.com/2010/12/el-homo-sapiens-se-hibrido-con.html
http://www.elmundo.es/encuentros/invitados/2010/05/4179/ ==> esta es muy chula
http://www.elmundo.es/elmundo/2010/05/07/ciencia/1273228998.html